Dieser schon über 50 Jahre alte Wettbewerb ist ein sehr kreativer und fächerübergreifender Wettbewerb. Er ist in 8 Kategorien unterteilt: Ganz klassisch sind Biologie, Chemie, Physik, Mathematik und Informatik, eher fachübergreifend sind die Bereiche Technik, Arbeitswelt und Geo-/Raumwissenschaften.

Jugendliche bis einschließlich 14 Jahre nehmen bei „Schüler experimentieren“ teil. Wie der Name schon sagt, sollen die Nachwuchsforscher ans experimentelle und systematische Arbeiten herangeführt werden.

Bei den Fünfzehnjährigen und älter heißt der Wettbewerb dann Jugend forscht, hier wird schon erwartet, dass sich die Nachwuchsforscher mit etwas beschäftigt haben, was neu oder wenig erforscht ist.

Einmal im Jahr, meist Ende Februar, findet der Regionalwettbewerb in Passau statt. Dort präsentieren die Jungforscher ihre Projekte einer Jury. Wer in seiner Kategorie den 1. Platz belegt, darf dann weiter zum Landeswettbewerb.

Am Comenius-Gymnasium werden die Jungforscher von Lehrern unterstützt, man trifft sich regelmäßig an einem festen Termin in der Woche, bei Bedarf auch öfter. Im Durchschnitt werden pro Schuljahr 7-8 Projekte betreut und präsentiert. Regelmäßig werden die Jungforscher dabei auch von der Jury belohnt. Den größten Erfolg bis dato war der Landessieg in der Kategorie Technik im Jahre 2018.